バックパッカー入門！海外一人旅のススメ

本来はライアンエアーに尋ねるべき内容ですが、公式サイトの購入画面をざっと見てみた限りでお答えします。
※正確性は保証できません。自己責任でお願いします。

＞バックパック９０Lはあずけられるのでしょうか？

重さによるんじゃないでしょうか。規定では一人あたり2個まで、1個あたりの重さは最大20kgまで、合計で最大35kg（15kg＋20kg）までのようです。
※いずれの場合も有料。

＞夫バックパック９０L、私バックパック６０L、それぞれが他にショルダーとベビーカーを持参

バックパック2個（それぞれ有料）とベビーカー（無料）は預け荷物、ショルダーバッグ2個（規定内の重量・サイズであれば無料）は機内持ち込み手荷物になるかと思います。

＞10kg以内の機内持ち込み荷物は３人分無料になりますか？

3人分無料になるはずです。

こちらのページ（公式サイト）に細かな規定が書かれています。よく読んで理解しておいてください。
※細かな疑問点を私に聞かれてもわかりません。

あと、注意すべき点としては、「BOADING PASS」（搭乗券）を事前に印刷しておかないと、高額な追加費用（罰金？）がかかることです。

それと、優先搭乗の権利は買っておいた方が良いように思います。

制限が多くて何かと手間がかかるのは、安さゆえ仕方のないことです。

参考記事：
・最新2013年 Ryanair(ライアンエアー)の予約方法（画像、日本語訳付き） | 家族で海外旅行.jp
・楽しい！ライアンエアーの乗り方！ - AllisPossibleIfOnedesires