バックパッカー入門！海外一人旅のススメ

＞初めにどの国に入国し、最後にどの国から出国したら都合が良いでしょうか？

航空券次第ですね。
希望に沿った航空券を探して、それに合わせる形になります。

一例ですが、<こちらの航空券比較サイトで

・出発地：東京 大阪
・出発日：1月 未定日
・行き先：ヨーロッパ★エジプト★カイロ

の条件で検索してみると、最安値あたりにエティハド航空の

・訪問可能都市数 2都市（訪問可能都市：カイロ、アテネ、イスタンブール…
・オープンジョー可

という航空券が出てきます（※2012年11月調査時）。
これを利用する場合、例えば

東京→カイロ（オープンジョー）アテネ→東京
東京→イスタンブール（オープンジョー）カイロ→東京

などというルートで飛べますが、オープンジョー区間は自力（自費）での移動となり、3カ国を周るにはこの航空券とは別に2区間を別途手配する必要があります。

もう少し下の方にあるトルコ航空を利用する場合は、例えば

東京→イスタンブール（途中降機※有料）→カイロ（オープンジョー）アテネ→東京

などというルートで飛べ、この航空券と別に手配するの必要があるのは1区間だけとなります。

ご参考までに、カイロ～アテネ間はエジプト航空が飛んでいます。
（探せば他にもあると思いますが）

＞また、航空券はどこで安値で入手できますか？

航空券の料金は路線や出発時期、キャンペーンの有無等によってその時々でかなり変わってくるため、ここならいつでも最安値！とかいうのはないです。

上記の比較サイト（に掲載されている旅行会社）や航空会社のサイトをその都度調べて地道に探すしかありません。